肩膀疼痛时，艾灸治疗有一定缓解作用，常选择的穴位包括肩髎穴、曲池穴、天宗穴、肩井穴、臂臑穴、肩中俞穴等，但并无绝对的最好的说法。
肩髎穴在肩部肩髃后方，当臂外展时，位于肩峰角与肱骨大结节两骨间凹陷处，是治疗肩周炎的特效穴位，对于缓解肩膀疼痛有一定效果。
曲池穴位于屈肘成直角时，肘横纹桡侧端与肱骨外上踝连线中点。艾灸曲池穴也可以改善肩膀疼痛。
天宗穴位于人体肩胛区，在肩胛冈中点与肩胛骨下角连线上1/3与下2/3交点的凹陷中，与第4胸椎相平。艾灸天宗穴可以缓解肩胛疼痛、肩背部损伤等症状。
肩井穴位于肩部，大椎与肩峰端连线的中点上，前直对乳中。艾灸肩井穴有助于舒经活络，缓解肩部疼痛、颈项强痛、肩背痛等症状。
臂臑穴在曲池穴与肩髃穴连线上，曲池穴上7寸，三角肌止点处。艾灸臂臑穴可以缓解肩臂疼痛、颈项拘挛等症状。
肩中俞穴位于背部，当第7颈椎棘突下，旁开2寸。艾灸此穴有助于散寒止痛，缓解肩部不适。
此外，也可选择阿是穴，即疼痛所在的位置，艾灸此处也有较强的止痛作用。